微生物實驗室設計中非常重要的一環(huán)就是工作區(qū)域的規(guī)劃。為了防止交叉污染，保護工作人員的健康，實驗室至少應劃分為三個區(qū)域。即：清潔區(qū)、操作區(qū)和無菌區(qū)。
清潔區(qū)應包含辦公等區(qū)域，操作區(qū)應配置通風柜，保持實驗室內溫濕度恒定，且配置供水系統(tǒng)以及廢液處理系統(tǒng)；無菌區(qū)應配置潔凈工作臺，生物安全柜等。
微生物實驗室規(guī)劃設計時，標準的實驗室設施和必要的防護設備是必須的。
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